Bước 1. Chọn chương trình chứng nhận phù hợp: Tất cả các chương trình chứng nhận an toàn thực phẩm đều có một tiêu chuẩn, đó là tập hợp các yêu cầu và điều kiện sẽ được áp dụng cho doanh nghiệp thực phẩm. Bước đầu tiên của việc cấp chứng nhận là lựa chọn chương trình chứng nhận có tiêu chuẩn phù hợp nhất với sản phẩm và các quy trình của doanh nghiệp, và góp phần đáp ứng nhu cầu của khách hàng. Việc này có thể dựa trên yêu cầu của nhà bán lẻ, doanh nghiệp dịch vụ thực phẩm, hoặc nhà sản xuất, hoặc để xác nhận các quy trình và kiểm soát an toàn thực phẩm nội bộ của doanh nghiệp.
Bước 2. Chọn cơ quan chứng nhận: Mỗi tổ chức sở hữu của các cơ chế chứng nhận đều lưu giữ một danh sách các cơ quan chứng nhận đã được công nhận. Quan trọng là phải xem xét khả năng đáp ứng về kiểm tra viên đủ điều kiện, khả năng tiếp cận khu vực, tính mùa vụ, lịch trình, thời gian kiểm tra, và tổng chi phí.
Bước 3. Nộp đơn xin chứng nhận: Quy trình chứng nhận về cơ bản là giống nhau với bất kỳ cơ chế hay ở cơ quan chứng nhận nào mà doanh nghiệp chọn. Bước đầu tiên là hoàn thiện hồ sơ đăng ký để cơ quan chứng nhận hiểu được phạm vi hoạt động của một cơ sở và các sản phẩm xét chứng nhận. Việc này cũng tạo cơ sở ký hợp đồng giữa cơ quan chứng nhận và doanh nghiệp thực phẩm, và rất quan trọng trong tính toán thời gian kiểm tra và việc phân công kiểm tra viên có chuyên môn phù hợp.
Bước 4. Lên lịch hẹn: Cơ quan chứng nhận sẽ liên lạc với cơ sở xin chứng nhận để sắp xếp ngày kiểm tra phù hợp cho cả cơ sở và kiểm tra viên, và ở trong giai đoạn sản xuất cao điểm.
Bước 5. Tiến hành kiểm tra: Tất cả các tiêu chuẩn đều yêu cầu sự có mặt của bên thứ ba để kiểm tra và xác định cơ sở nhận biết và triển khai các kiểm soát an toàn thực phẩm ở mức độ nào và tuân thủ yêu cầu của tiêu chuẩn ra sao. Việc kiểm tra để cấp chứng nhận không mang tính tư vấn.
Nghĩa là Đánh giá viên sẽ không tư vấn cho cơ sở về cách đáp ứng các yêu cầu của cơ chế cấp chứng nhận. Kiểm tra viên sẽ đánh giá kế hoạch, thủ tục, chính sách, điều kiện thực tế và hồ sơ HACCP và quan sát việc thực hiện các kế hoạch an toàn thực phẩm trong cơ sở. Sau khi kiểm tra, kiểm tra viên sẽ lập báo cáo về các điểm không phù hợp và trình lên công ty.
Bước 6. Khắc phục các điểm không phù hợp và hoàn thành quyết định cấp chứng nhận: Để được cấp chứng nhận, doanh nghiệp thực phẩm phải khắc phục các điểm không phù hợp đã được ghi nhận, và ngăn chặn tái phạm. Cơ quan chứng nhận sẽ xem xét các điều chỉnh đã được báo lại.
Chứng nhận chỉ được cấp khi có quyết định cấp chứng nhận thành công. Toàn bộ quá trình từ khi hoàn thành việc kiểm tra đến khi cấp chứng nhận thường là khoảng 45 ngày.
Bước 7. Tái chứng nhận hằng năm: Mỗi năm, doanh nghiệp thực phẩm đã được chứng nhận phải được kiểm tra cấp chứng nhận lại một lần. Thông thường, lần kiểm tra lại sẽ được tiến hành gần thời điểm của lần kiểm tra ban đầu vào năm ngoái. Cũng giống như trong lần kiểm tra cấp chứng nhận ban đầu, cơ sở cũng phải giải quyết các điểm không phù hợp nếu muốn cấp lại chứng nhận.